وی سپس به عضویت هیات علمی موسسه باقرالعلوم قم در آمده و حالا برای کسب کرسی در مجلس خبرگان، از حوزه انتخابیه قزوین وارد انتخابات شده است.
رقبای وی در قزوین آیت‌الله تلخابی و آیت‌الله اسلامی امام جمعه تاکستان هستند.
به‌نظر می‌رسد رقیب انتخاباتی آیت‌الله مظفری، آیت‌الله اسلامی باشد که این روزها بعد از ردصلاحیت رجب رحمانی، درگیر رای جمع کنی برای برادر رییس دفترش غلامرضا طاهرخانی باشد.
آیت‌الله مظفری اکنون به دیدار آیات عظام، شخصیت‌های سیاسی و مذهبی شهر می‌رود تا بیشتر خود را بشناساند.
دوری او از قزوین در سال‌های ماضی موجب گمنامی وی شده است.
الموتی‌ها و قزوینی‌ها تلاش می‌کنند به‌جای امام جمعه تاکستان او را به مجلس خبرگان بفرستند.
